Vadsø kommunestyre er havnens øverste organ og velger Vadsø havnestyre som leder Vadsø Havn KF.

Den daglige driften av havnen står havneadministrasjonen for, med havnesjefer som leder.

Vadsø Havn KF er Vadsø kommunes havnefaglige organ. Foretaket skal ivareta de administrative og forvaltningsmessige oppgaver Vadsø kommune har etter havne- og farvannsloven, og bestemmelser gitt i medhold av denne loven.

Vadsø Havn KF skal sørge for en rasjonell og effektiv havnedrift, føre tilsyn med trafikken i Vadsø kommunes havnedistrikt og forvalte Vadsø havnekasses eiendommer, innretninger og andre aktiva med sikte på en best mulig ressursutnyttelse for havnens brukere og kommunen.

For å opprettholde og videreutvikle havnenes trafikkgrunnlag, kan Vadsø Havn KF engasjere seg i havnetilknyttet virksomhet når dette er fordelaktig og hensiktsmessig for Vadsø kommunes havnevirksomhet.