Kommunene i det interkommunale samarbeidet har ulik struktur samt forskjellig type skipstrafikk og havnevirksomhet. Samlet sett utgjør havnevirksomheten et komplett tilbud til den maritime næringen. Regionen fremstår som et maritimt "cluster" med et utstrakt tilbud til næringene innenfor et avgrenset geografisk område.

Ålesundregionens havnevesen forvalter og drifter all kommunal havneinfrastruktur i tillegg til å veilede skipstrafikken i kommunenens sjøområder, herunder alle kommunale kaier. Skipstrafikken må betale avgifter og vederlag for å benytte havneinfrastrukturen og for bruken av kommunens sjøområde. Alle skip er pliktig til å forhåndsmelde sine anløp til havnevesenet. Dersom dette ikke er mulig må skipene melde sin ankomst pr VHF, fax, tlf eller mobil.

Havnevesenet er pliktig etter lov og forskrifter å innrapportere statistikk til Statistisk Sentralbyrå (SSB) om anløp og gods. Statistikken brukes også internt i Havnevesenet for å følge utviklingen og trender innenfor havnevirksomheten som vi har ansvar for. Havnebrukerne kan benytte våre skjemaer til innrapportering av anløp, gods og ISPS (havnesikring). Havnevesenet gir også enkel informasjon om nærskipstrafikken og mulige båtruter til transportering av gods. Dette kan hjelpe vareeiere til å finne beste fremføringsvei for sine varer.

Cruisetrafikken er viktig for havna i og med at den er synlig og populær i bybildet. Cruise er et satsningsområde for havnevesenet og utbedringer og tilrettelegginger gjøres kontinuerlig for å ivareta denne satsningen. Lystbåter er en stor og synlig del av trafikken om sommeren. Denne er spesielt lokalisert i indre havn. Om sommeren arrangerer Ålesund Båtfestival sitt arrangement i og rundt havnebassenget.